扁桃体的外表有许多洼陷的小坑，每个小洼陷都是一条管道的开口，这今后有弯弯曲曲的小盲管，一向通到扁桃体的深处，它们是细菌病原体繁衍繁衍的场所。很多致病菌除了空气飞沫感染外，偶然还会经饮食彼此感染，病菌附在扁桃体外表，再进入扁桃体小窝内。扁桃体小窝有“鸟巢状”结构，不同的细菌能够寄居于不同的“鸟巢”内。因而，即便在正常情况下，扁桃体内也是“窝藏”着许多病菌的。
假如扁桃体发炎后未能得到完全治好，这些小窝又能够成为细菌的“庇护所”。急性期往后，仍有不少致病菌和非致病菌在小窝内存放，在必定范围内，能与人体“平和”共处。可是，一旦人体抵抗力下降，如过劳、受凉、湿润、烟酒过度或患有其他缓慢病时，这些细菌就会无事生非，很多繁衍而引起扁桃体化脓性病变。
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